1. Для чего делать шаблон уникальным?
Прежде всего если вам не мало важен фактор сео оптимизации сайта, то с паблик шаблоном придеться поработать, поскольку бытует мнение о негативном влиянии на отношение поисковиков к "клонам" щаблонов.

2. Что потребуется изменить?
Названия стилей, классов и прочего в CSS.
Названия и содержание изображений.
Названия всех блоков (расположение блоков) и элементов

3. Какими программами это можно сделать удобнее и быстрее?
Teleport - для скачивания всего дизайна с картинками и стилями оформления
Notepad++ - для редактирования стилей и самого макета шаблона, чистка и правка
Xnview - для массового переименования картинок добавив дефиз перед названием и т.д.
Inpaint - не заменимая програмка для редактирования картинок - например аккуратно стереть надпись с лого
Photoshop - по возможности и опту работы с программой, редактировать картинки дизайна
Выше перечисленные программы можно свободно скачать на торрентах

По возникновению вопросов в теме, первый пост будет пополняться